再之后，止水退出了暗部，或者更直接地说，他退出了“根”。虽然明月一直有猜测，但真的知道止水之前一直在团藏控制的“根”里做事、负责监视宇智波的时候，她依旧觉得唏嘘。
止水当年受三战的刺激很大，又因为目睹了失去一条腿的父亲的郁郁，对于和平很有执念。明月不意外他会被团藏主张的“木叶稳定大于一切”所吸引，反而想到梦中看到的，失去双眼、主动投身南贺川的止水，她心里就挺怜惜这个好友的。
当然，想到自己那个和止水的心理颇有相似，明明想要成为火影却被迫手刃全族，最后死在佐助手里的弟弟，明月就更加心疼了。
所幸这一切的开端都已经被扭转。
止水退出“根”之后，跟明月有一次长谈。他坦言他对于监视家族，心里一直非常矛盾。他既想保护大家，又想守护木叶，而“根”本身做的很多黑暗之事也让他痛苦。现在这种煎熬总算结束了。止水打算休息一段时间，好好思考未来的意义，然后或许会申请加入直属火影的暗部。
“虽然有些事做起来很让人痛苦，然而想到那是不得不去完成的事情，就觉得自己绝对不能逃避。”
止水坐在明月家的走廊上，这样说道。他当时手里捧着杯热茶，看着庭院上方的天空，神情是前所未有的轻松。
明月笑着表示了赞同。
转过头，她就向水门表示了感谢，谢谢他帮忙将止水调出来。
“即便没有明月的请求，我也认为让止水这样的人才待在‘根’很可惜。”水门笑着说，“三代目大人说，止水跟他的爷爷——也是三代目大人曾经的队友——宇智波镜前辈很像。”
“嗯，那想必镜前辈是个很好的人，因为止水是个很好的人。”明月点头称赞，“我的朋友都是很好的人，毕竟物以类聚、人以群分嘛。”
水门笑得很开心。那段时间他心情格外好，因为他家里的鸣人会叫“爸爸”了；木叶的人常常能看到他们的火影大人一脸傻笑地走在路上。
另外，带土被官方含糊地定位成“失陷在敌人手中的同伴”。虽然乍听上去没问题，但对于没有长时间俘虏敌人习惯的忍者来说，这种说法本身就很可以，足以让大家浮想联翩。这种长时间的猜忌，就是高层对于带土的惩罚。
意见团当然很不满，尤其是团藏，然而事情终究是按照四代目的意志运转下去。
卡卡西一直陪在带土身边，玖辛奈也选择原谅了带土。和带土同期的同伴们，大多都选择信任他，尽管他们的信任说到底，其实是错误的。
明月找过带土。没怎么说话，就陪着他枯坐了一整夜，从夜幕降临到朝阳升起。然后带土又大哭了一场。
他从小就是个爱哭鬼，结果一直到差点长歪成超级大反派的现在，他还是那么爱哭。
在同伴的陪伴之下，带土终于一点点走出过去的阴影，选择作为忍者，默默地承担着人们的猜忌、闲言碎语，做着和他实力不相符的、琐碎繁杂的工作，以此作为他差点毁灭木叶和家族的赎罪。
带土提到了宇智波斑，以及远在雨之国的“晓”组织的事。当初带土想利用“晓”，却被组织首领弥彦阻止。而后不久，雨忍村的半蔵和木叶的团藏密谋毁灭“晓”，造成两败俱伤的后果。弥彦身死，长门接受了带土的想法，决定“以痛苦来引导世界而走向和平”。
那就是斑提出的“月之眼”计划——用前所未有的幻术让整个世界陷入他所谓的“美梦”。
“……难怪去年‘根’突然战死了一大批忍者。”三代目手上拿着烟斗，却忘了吸，神色复杂，“团藏啊……”
水门也摇摇头。对于自己曾经傻白甜的学生，一朝被斑忽悠就能在短短两年中干出这么多事，他也只能无言以对。
所以，“月之眼”计划现在由长门他们在执行。木叶的人们思考着对策，认为最简单粗暴的方法莫过于直接毁灭斑的躯体，这样就不可能进行“秽土转生”。
但连带土都不知道斑的躯体在哪里。据他说，只有那种类人型生物“黑绝”、“白绝”应该知道，但它们擅长变化和潜行，轻易无法找到。
这些事情急不来，只能慢慢完成。总归现在主动权都在木叶手中。
十一岁的时候，明月正式成为上忍。她笑纳了一干朋友送她的礼物，其中包括红豆请她吃的高记点心。说起来，红豆也成为中忍好几年了。她的老师是同为“三忍”之一的大蛇丸。明月对那个皮肤苍白、眼睛细长的男人很有点意见，因为她曾经看到那个男人神色诡秘地打量她和弟弟鼬，眼神跟看珍惜的研究材料没什么两样。
不过红豆很喜欢自己的老师。
然而也就在同一年，大蛇丸秘密进行的残酷人体实验被曝光，直接导致这位声名赫赫的忍者的叛逃。明月还没安慰完自己伤心欲绝的朋友，就被告知：自来也因为没能追回作为同伴的大蛇丸，郁郁寡欢……哦不，耿耿于怀，决心外出游历追踪大蛇丸的踪迹，同时也是查探“晓”组织的下落。
他说根据现有的情报来看，“晓”的创始人应该也是他的学生。
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